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在本届Nanopore科研团体大会上，Rosemary Sinclair Dokos、更新Stuart Reid 和Lakmal Jayasinghe展示了Oxford Nanopore如何继续突破测序平台的整合至统能力。
他们概述了当前平台情况、升级最新发展及其创新管线，且高同时介绍了可以改进和简化平台的性能序平多项升级和整合，展示出统一、技术简单且高性能测序技术的更新能力。
试剂盒Kit 14和最新芯片R10.4.1相结合的整合至统高产出、高准确度（Q20+单分子）测序技术预计将于2023年第一季度从“早期用户试用”阶段进入“已发布”阶段。升级这次升级将帮助用户对任何长度的且高DNA/RNA片段实时生成高准确度、信息丰富的性能序平数据，在同一平台上满足所有用户的技术不同测序需求。
本次升级包括平台化学试剂、更新硬件、整合至统数据分析、制备和产品范围的更新：
当前平台状态和近期发展
覆盖全面、信息丰富的基因组学
低成本、高产出且可及的测序
简单、用途广泛且一致的端到端分析平台
检测开发人员的简单路线：Project TurBOT和Q-Line
独特的平台特性
覆盖全面、信息丰富的基因组学
Oxford Nanopore测序平台通过简单和可大规模拓展的工作流程，为人类和任何其他生物基因组提供一个全面视图。这是因为测序平台可以对任意长度的DNA/RNA片段进行测序，也可以对非扩增分子进行测序，从而免费、实时解析甲基化。以下升级可增强此项功能：
准确度
高产出、高准确度试剂盒Kit 14和最新芯片R10.4.1相结合的测序将在2023年第一季度从早期用户试用进入正式发布阶段。
在标准的400碱基/秒（bps）的条件下，将提供Q20以上（>99%）的单分子、单链准确度，同时保证高产出。
化学试剂提供完整、连续、准确的基因组，通过按钮式分析工作流程提供基因组变异的全面情况。
Simplex数据 - DNA单链序列的数据已经显示出Q20+（>99%）的单分子准确度，在人类全基因组遗传变异（包括SNP、SV和甲基化）方面也表现出高性能、全覆盖的能力。
Duplex测序 - 依靠DNA互补序列的双链测序也实现了更高的准确度，目前可达到Q30 （>99.9%），适用于更具挑战性的应用。测序上得到的双链数据率也有所提高，例如大肠杆菌数据集显示双链率大于70%。目前开发者版本会提供测序芯片。
计算性能
新的计算性能：借助Dorado basecaller和NVIDIA的PromethION A100处理器，可以在72小时测序期间实时获得高准确度碱基识别（HAC）结果。预计在2023年第一季度将Dorado引入操作软件MinKNOW。
甲基化
碱基修饰为包括癌症研究在内的许多生物学问题提供了重要的见解。Oxford Nanopore为碱基修饰提供了最准确和全面的技术，5mC识别（双向分类）原始读长序列准确度为99.5%。
用于5mC碱基修饰的试剂盒Kit 14和R10.4.1现已合并上市。
5mC和5hmC分析模式可使用独立软件完成，计划2023年第一季度整合到MinKNOW中，为用户的样本提供前所未有的甲基化分析洞察。
升级主要通过耗材和软件实现，因此用户无需投入研究资金购买新设备。
图1. 2022年12月Oxford Nanopore测序准确度
低成本、高产出且可及的测序
用户可以以有竞争力的价格获得超高产出的测序数据。目前，每张PromethION测序芯片可测序1-2个人类基因组，这样用户每年在一台PromethION48上最多可对9984个全人类基因组进行测序，覆盖度30 x，每个基因组成本345美元起，包括文库制备成本。化学试剂的开发正在进行中，旨在进一步提高PromethION测序芯片的产出。
简单、用途广泛且一致的端到端分析平台
Oxford Nanopore平台用途广泛，可针对多种使用情况进行定制，包括全基因组测序、表观遗传分析、转录组学和单细胞测序，或者是对短（低至20个碱基）和超长（超过400万个碱基）片段进行测序。用户可利用实时数据，在需要时测序并获得所需答案，甚至靶向测序也可实现。
图2. 灵活平台助力用户多维度、多尺度探索生物学
从样本制备到分析，平台升级能更好地支持用户的端到端分析：
为了在全新PromethION 2（P2）上实现一致的高产出性能，支持最新的PromethION用户群，此次升级引入了新的端到端工作流程，将初步侧重于人体样本（细胞、血液），由不断扩大的Oxford Nanopore现场应用科学家团队提供技术支持。通过使用R10.4.1测序芯片和试剂盒Kit 14以及这些实验指南，用户通常可以在每张PromethION测序芯片上获得100Gb以上的数据。
支持测序后的样本回收的实验操作指南即将发布。这可为样本特别稀有/珍贵的用户提供支持，从而获得每个样本可以带来的最大数据，而非每张芯片的最大数据。
只需按一下按钮，EPI2ME分析平台就能提供简单且强大的分析能力，从人类变异的全面视图，到宏基因组学，再到单细胞，都可实现。EPI2ME labs支持本地或分布式数据分析，用户也可通过GitHub自行定义工作流程和分析。现在已经创建了一个开放的数据分析生态系统，将用户工作流程与Oxford Nanopore平台相结合。用户只需点击，即可从EPI2ME运行自己的分析。如感兴趣，请通过此链接注册：https://register.nanoporetech.com/epi2me-labs-workflows。
用户可以在GitHub中开发自己的工作流程，增加产品的简洁性。
检测开发人员的简单路线：Project TurBOT和Q-Line
Oxford Nanopore一直在投入开发满足ISO9001认证的设备系列，采用锁定的标准化形式，将Q20+化学试剂整合到受控产品中，伴随着“Q-Line”的全新上市，产品更新频率也会更低、更可预测。更多信息，请参考产品网页：
https://nanoporetech.com/products/qline。
TurBOT 项目将标准的高样本通量液体处理设备与测序设备（如MinION和P2 Solo）整合在一起，使您在一台设备中即可完成样本制备和分析。如感兴趣，请通过以下链接注册:
https://nanoporetech.com/products/kits/automation#_project-turbot。
图3. TurBOT设计图
独特的平台特性
适应性采样是实时测序的一项独特功能，用户可以使用软件MinKNOW来选择并增加靶向测序中感兴趣的区域。这种“智能”方法被应用于许多方面，包括关注人类基因组中的癌症基因，或在更广泛的人类/宏基因组样本中富集病原体DNA。
MinKNOW中内置适应性采样功能，并已在P2上完成了功能验证。
更新小型、便携产品
MinION Mk1D正在开发中，它是下一代便携式测序产品，旨在与新款iPad Pro®兼容。使用USB-C连接后，Mk1D可以利用M1/M2 Apple®
芯片的能力进行碱基识别，同时还将简单的测序与市场领先的用户界面相结合。如对Mk1D感兴趣，请通过以下链接注册：
https://nanoporetech.com/products/minion-mk1d。
图4. MinION Mk1D设计图
管线开发：使任何人、在任何地点测序
Oxford Nanopore将可及性整合入产品设计，让更多人接触基因组学
研究团队一直在利用机器学习开发新的酶，使DNA更快地通过纳米孔。如果速度更快，单张PromethION测序芯片有可能提供400Gb的测序数据，可测序多达4个人类基因组。
更多的化学试剂和碱基识别的开发旨在对更多样的碱基修饰进行表征，包括DNA中的8oxoG和ribo碱基。
新的纳米孔正在开发中，读取头长度几乎是R10.4.1的两倍，目的是进一步提高均聚物的解析度。
只有Oxford Nanopore能提供直接RNA测序，包括碱基修饰的分析。新的针对RNA的纳米孔和更快的酶，使准确度提高了三倍，达到96%。此外，所需样本输入量减少了一个数量级，降至50ng。预计将在2023年初开发者版本中提供。
Oxford Nanopore寻求重新定义“液体活检”，最新的研发进展显示，有望直接从复杂的生物液体中测序原始DNA/RNA，而无需实验室设备，并最终扩大这项重要技术的应用范围。
新方法仍在开发中，目标是提供无与伦比的单分子准确度，包括低频（如低于0.1%）遗传变异。通过结合标准测序和“Outy”，一种通过单个纳米孔反向测序的方法，就有可能通过该纳米孔向前和向后重新读取单个分子。而这种读取可以进行多次，直到达到用户期望的准确度。Outy方法也可以提供碱基修饰的高准确度检测。